Desde hace 43 días Xavier Muñoz se mantiene en la Cárcel 4, en el norte de Quito, debido a una orden de prisión preventiva por el delito de obstrucción de la justicia, parte del caso Independencia Judicial, no ha cumplido sus tareas como vocal titular del Consejo de la Judicatura (CJ), pero aún no ha perdido su puesto en el pleno del órgano de gobierno, administración, vigilancia y disciplina de la Función Judicial.