La respuesta depende del sentido que queramos transmitir. Si tenemos, por ejemplo, unos huevos de gallina y tan solo necesitamos guardarlos en cualquier recipiente, que, aunque inusitado, muy bien podría ser una cuba, tendríamos que decir «Hay que encubar los huevos». Esto indica que es válida la frase «Los huevos se encuban».