Seis cepas del virus SARS-CoV-2 han sido identificadas entre marzo y junio por la Universidad San Francisco de Quito que circulan en el país. La institución en colaboración con centros médicos han realizado la secuencia de genoma de las muestras obtenidas.

En Sudamérica se han identificado alrededor de 1347 genomas del virus desde diciembre del 2019.

Paúl Cárdenas, investigador del Instituto de Microbiología de la universidad, explicó que no es la primera vez que obtienen la secuencia de un genoma y que este se puede dar de cualquier organismo. El genoma es un conjunto de genes que forman un código donde están toda la información que se necesita para hacer un organismo desde cero.

El investigador indicó que el proceso puede llevar entre dos a tres días y que primero extraen el ARN del virus, que es más sensible y degrada fácilmente, y se lo transforma en ADN para luego amplificarlo. "Este virus tiene 30 mil letritas, es un genoma bastante grande para un virus", indicó.

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Este se coloca en un secuenciador de ADN que va identificando cada una de las letras y como este se secuencia por partes, se lo reconstruye a través de una computadora lo que acelera el proceso.

"Esta es una herramienta complementaria a todos los estudios tanto epidemiológicos, es decir, para saber cómo se distribuye el virus, cómo se está moviendo el virus dentro del país y dentro de cada ciudad y también para ver si es que algunas de estas variantes pueden en algún momento producir que los métodos diagnósticos de PCR empiecen a no funcionar porque como estos PCR tiene estos primers dirigidos para sitios específicos del genoma si es que empiezan a ver mutaciones en estos sitios, empiezan a ver falsos negativos", refiere.

Cada virus va mutando por lo que es necesario realizar el proceso para identificar si pueden causar cambios en los antígenos que reconoce el sistema inmune y en el caso del desarrollo de una vacuna esta funcione con la misma efectividad en la cepa.

Actualmente la institución se encuentra promoviendo el proyecto Genoma SARS-CoV-2 con el que se busca recaudar fondos para lograr secuenciar la mayor parte y número de muestras posibles en el país, que estiman sean entre 200 a 300 genomas, por lo que se encuentran impulsando capacitaciones de manera virtual de varias semanas para interesados a conocer más el ámbito científico.

"Hemos hecho colaboraciones con otras universidades del país y colaboran con muestras o con fondos para acabar y terminar este proyecto. Estamos trabajando con la Universidad Técnica Particular de Loja, con ellos secuenciarían unos 50 genomas de la zona sur del Ecuador, incluyendo Cañar, Azuay y El Oro, además de Loja y también tenemos un nuevo convenio con la Universidad de Especialidades Espíritu Santo de Guayaquil con lo que esperamos secuenciar unos 100 genomas extras de toda la zona de la provincia del Guayas, Santa Elena y Galápagos", indicó.

Genomas secuenciados en el Ecuador

En total se han secuenciado nueve virus de nueve pacientes, de estos han salido seis cepas diferentes.

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El primer genoma secuenciado del virus se trató de una muestra del paciente holandés que fue atendido en Quito. Se identificó que esta era una cepa bastante ancestral debido a que no registraba tantas mutaciones y está cerca de la identificada en China.

De allí también se secuenció los genomas de tres pacientes de Quito, uno de ellos se había contagiado en Guayaquil, y esta última muestra tenía muchas más mutaciones que la anterior y venía de Europa. Los otros dos la secuencia del virus era igual y esa cepa se había reportado en otros países de Europa, teniendo más mutaciones que las anteriores.

"De las nueve muestras que analizamos seis son diferentes, entonces podemos decir que hubo por lo menos seis eventos de introducción diferentes y de las seis, cinco fueron reportadas previamente en Europa y una fue reportada previamente en Estados Unidos, entonces eso es lo interesante que la mayoría de cepas que hemos encontrado provinieron de Europa", refiere Cárdenas.

De igual manera aspiran a analizar muestras de todo el país para determinar cuáles fueron los sitios de introducción del mismo.

"La del paciente holandés fue interesante debido a que fue el primer caso reportado en Quito porque además de eso podemos estar seguros que el paciente holandés se contagió en Holanda, estas otras cepas que hemos identificado ya son de contagio comunitario en el Ecuador, es decir, entonces una persona aquí ya le contagió a otro y que no sabe quién le contagió", añade. (I)