Supuestas violaciones contra los derechos humanos cometidas durante su gobierno son hasta la actualidad objeto de denuncias contra el ex presidente León Febres-Cordero.

Entre los años 1982 y 1988, el grupo subversivo Alfaro Vive Carajo (AVC) se hizo presente en el escenario nacional con el hurto de la espada de Eloy Alfaro del Museo Municipal de Guayaquil. Ante el surgimiento de AVC y grupos guerrilleros como Montoneras Patria Libre (MPL), el régimen implementó cuerpos de seguridad para combatirlos: el Grupo de Intervención y Rescate (GIR), el Escuadrón Volante de la Policía Nacional y la Unidad de Investigaciones Especiales de la Policía Nacional.

“Si tú (el entrevistador) observas encuestas serias y responsables a nivel nacional, hay una respuesta totalmente positiva de haber liberado al país del terrorismo; todavía la mayoría de este país es de gente consciente y aunque su ideología, que respeto, puede ser políticamente diferente de la mía, casi todos coinciden que el terrorismo hay que extirparlo”, comentó Febres-Cordero en el libro Madera de guerrero, de autoría de David Wong.

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Según testimonios expuestos a lo largo de dos décadas ante organizaciones como Amnistía Internacional, el juez español Baltazar Garzón (promovió el arresto al ex dictador chileno Augusto Pinochet) y la Comisión de la Verdad, creada en el 2007 por el gobierno de Rafael Correa, se cometieron excesos como desapariciones, torturas y eliminación de personas.

Los casos más sonados fueron las desapariciones de la profesora Consuelo Benavides, el obrero Jaime Otavalo y los hermanos Restrepo; y el asesinato de los líderes del AVC, Arturo Jarrín y Fausto Basantes.

El 7 de agosto de 1985, el banquero guayaquileño Nahim Isaías fue secuestrado por el AVC, con ayuda del grupo colombiano M19. Tras 26 días de plagio, Isaías fallece en el operativo realizado en la ciudadela La Chala por elementos de la Policía y comandos especiales del Ejército. Dicho operativo estuvo dirigido por el propio presidente Febres-Cordero.

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LFC  siempre negó esas acusaciones y fustigaba a los medios de comuniciación que, según él, le daban espacio a sus enemigos. “Mientras tenga mi conciencia tranquila a mí no me preocupa nada, puedo garantizar que yo, en lo personal, jamás pude haber ordenado ni asesinatos ni tortura”, aseguró en diciembre del 2005.

En ese entonces recordó que, en los casos de  Benavides y los hermanos Restrepo, se establecieron responsabilidades en miembros de la Marina y de la Policía, quienes fueron juzgados y sentenciados.