Para agilitar el trabajo se conformó cuatro subcomisiones. La primera para que investigue sobre el ataque de Colombia en Angostura; la segunda,  para que indague sobre la denuncia del Mandatario respecto a la infiltración de la CIA; la tercera, para que se encargue de analizar los cambios conceptuales para las FF.AA.; y la cuarta, para elaborar una propuesta de reestructuración institucional.