A diferencia de su pariente más grande, el hipopótamo anfibio, poco se sabe sobre la dieta o el comportamiento del hipopótamo pigmeo; sin embargo, está claro que se adapta  a  ambientes boscosos más que a las llanuras abiertas que prefiere  el hipopótamo, según la Fundación Iberoamericana para el Fomento de las Ciencias del Mar.