La Conferencia Episcopal Ecuatoriana -CEE- es la institución de carácter permanente que reúne a todos los obispos del Ecuador para ejercer, en espíritu de unidad y de comunión, algunas de las funciones pastorales que les son propias, respetando, en todo caso, la autoridad y la competencia que cada obispo tiene en su Iglesia particular (cf. Estatutos de la Conferencia Episcopal Ecuatoriana, art. 1).
Por disposición del Papa Pío XII, la primera reunión de la Conferencia Episcopal tuvo lugar entre el 6 y el 11 de noviembre de 1939. Su primer presidente fue el entonces Arzobispo de Quito, Monseñor Carlos María de la Torre, posteriormente primer Cardenal del Ecuador; la presidió hasta 1965. El Secretariado Permanente de la CEE fue creado en 1959. En sus comienzos, la CEE funcionaba en la Curia Arzobispal de Quito (Plaza Grande).
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La instancia suprema de la Conferencia Episcopal es la Asamblea Plenaria. Se reúne dos veces en el año (generalmente, en abril y en octubre). En ella se expresa la colegialidad y la comunión que convocan y animan a todos los obispos (cf. Estatutos, arts. 2, 5). Entre las atribuciones de la asamblea plenaria está la de elegir, cada tres años, al Presidente, Vicepresidente, Secretario General y Secretario Adjunto, Presidentes de las Comisiones Episcopales y dos miembros del Consejo Gubernativo de Bienes (cf. Estatutos, art. 1).
El Consejo Permanente se reúne en ausencia de la asamblea plenaria y hace las veces de ésta, con las atribuciones que no se encuentran expresamente reservadas a la asamblea. Se reúne dos o más veces al año. Está integrado por el Presidente y Vicepresidente de la CEE, los señores Arzobispos, los Obispos Presidentes de las Comisiones Episcopales, Secretario General y Secretario Adjunto (cf. Estatutos, arts. 19 y 20). El Consejo Gubernativo de Bienes es el organismo encargado del gobierno y administración de los bienes de la Conferencia Episcopal. Se reúne por lo menos dos veces en el año. Está integrado por el Presidente de la CEE, dos vocales Obispos elegidos por la Asamblea Plenaria, Secretario General y Secretario Adjunto (cf. Estatutos, arts. 22 y 23).
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Además, la Conferencia Episcopal cuenta con siete Comisiones Episcopales, organismos integrados por varios señores Obispos . Las Comisiones tienen por objeto atender tareas pastorales específicas. Cada comisión tiene su Obispo Presidente y su Secretario Ejecutivo. Todas ellas están coordinadas por la Secretaría General de la Conferencia. Existen también algunos otros organismos que se equiparan a una comisión episcopal.