Desde el 2003, en que se instaló el actual Congreso Nacional, el Tribunal Supremo Electoral (TSE) ha sido reestructurado en cuatro ocasiones. En las dos primeras administraciones, la presidencia le ha correspondido al Prian, y las dos restantes, al PSC.
La primera reestructuración fue el 9 de enero del 2003, cuando una mayoría legislativa conformada por PSC, ID, Prian, DP y Pachakutik nombró a Nicanor Moscoso (Prian), presidente del TSE. La vicepresidencia la ocupó el socialcristiano Eduardo Villaquirán; los vocales fueron Jorge Valdospinos (ID), Carlos Aguinaga (DP), Carlos Pardo Montiel (PRE), Juan Aguirre (UNO) y José María Cabascango (Pachakutik).
El 26 de noviembre del 2004, nuevamente se reestructuró. Una mayoría conformada por el PRE, Prian, SP, PSE, MPD, CFP, DP, auspiciada por el Gobierno de Lucio Gutiérrez, nombró a Wilson Sánchez (Prian), como presidente; y Giovanni Atarihuana (MPD), vicepresidente. Los vocales fueron Ramón Alarcón (DP) por Carlos Aguinaga; Pedro Pablo Gómez (PSC) por Eduardo Villaquirán, y Fabián Villarruel (SP) por José María Cabascango. Se quedaron Pardo y Valdospinos.
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El 4 de mayo del 2005, el Congreso reestructura nuevamente el TSE. Los vocales son: Gilberto Vaca (PSC), Narciza Subía (PRE), Ángela Albán (Prian), Jorge Valdospinos, Guillermo González (NP), Vicente Naranjo (PK) y Patricio Torres (MPD).
El 5 de diciembre del 2005, tras las renuncias de Gilberto Vaca y Vicente Naranjo y la designación de tres nuevos vocales, el TSE fue conformado de la siguiente manera: Xavier Cazar reemplaza a Vaca; Jorge Valdospinos, Narciza Subía, Marco Benavides (DP) por Guillermo González; Sandra Cabrera (PK), por Naranjo; Ángela Albán y Patricio Torres.