Desde el 2003, en que se instaló el actual Congreso Nacional, el Tribunal Supremo Electoral (TSE) ha sido reestructurado en cuatro ocasiones. En las dos primeras administraciones, la presidencia le ha correspondido al Prian, y las dos restantes, al PSC.
La primera reestructuración fue el 9 de enero del 2003, cuando una mayoría legislativa conformada por PSC, ID, Prian, DP y Pachakutik nombró a Nicanor Moscoso (Prian), presidente del TSE. La vicepresidencia la ocupó el socialcristiano Eduardo Villaquirán; los vocales fueron Jorge Valdospinos (ID), Carlos Aguinaga (DP), Carlos Pardo Montiel (PRE), Juan Aguirre (UNO) y José María Cabascango (Pachakutik).