Fue creada el 17 de diciembre de 1887 como “La Junta de Beneficencia Municipal de Guayaquil”, gracias al Dr. Francisco Campos Coello, motivó a un grupo de guayaquileños a desarrollar una actividad de carácter filantrópico. Esta institución estaría encargada de administrar los hospitales, cementerios y demás establecimientos de beneficencia existentes en Guayaquil.
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Su primer Director fue Don Eduardo Arosemena Merino, quien la dirigió durante veinticinco años, en dos períodos, afianzando durante su administración la estructura institucional y dotándola de sus primeros servicios: un hospital, un manicomio, un asilo de ancianos y el cementerio general.
Posteriormente, en la Dirección de Don José María Sáenz, se consolidó las finanzas, se alcanzó su autonomía administrativa, se gestionó y logró la expedición de varios decretos relacionados con impuestos y, mediante Ley del Congreso, se consiguió la aprobación de la creación de la Lotería, el 18 de Agosto de 1894.
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Para atender sus egresos la Junta de Beneficencia aún recibe importantes donativos por parte de la generosa filantropía guayaquileña y tiene, además, en los sorteos ordinarios y extraordinarios de la Lotería Nacional, el Lotto y el Pozo Millonario un factor importante para el financiamiento de su presupuesto.
Los valores institucionales
-Solidaridad
-Honestidad
-Confianza
-Liderazgo
-Innovación
-Sostenibilidad del ambiente
