Fue creada el 17 de diciembre de 1887 como “La Junta de Beneficencia Municipal de Guayaquil”, gracias al Dr. Francisco Campos Coello, motivó a un grupo de guayaquileños a desarrollar una actividad de carácter filantrópico. Esta institución estaría encargada de administrar los hospitales, cementerios y demás establecimientos de beneficencia existentes en Guayaquil.

Su primer Director fue Don Eduardo Arosemena Merino, quien la dirigió durante veinticinco años, en dos períodos, afianzando durante su administración la estructura institucional y dotándola de sus primeros servicios: un hospital, un manicomio, un asilo de ancianos y el cementerio general.

Posteriormente, en la Dirección de Don José María Sáenz, se consolidó las finanzas, se alcanzó su autonomía administrativa, se gestionó y logró la expedición de varios decretos relacionados con impuestos y, mediante Ley del Congreso, se consiguió la aprobación de la creación de la Lotería, el 18 de Agosto de 1894.

Para atender sus egresos la Junta de Beneficencia aún recibe importantes donativos por parte de la generosa filantropía guayaquileña y tiene, además, en los sorteos ordinarios y extraordinarios de la Lotería Nacional, el Lotto y el Pozo Millonario un factor importante para el financiamiento de su presupuesto.

Los valores institucionales

-Solidaridad
-Honestidad
-Confianza
-Liderazgo
-Innovación
-Sostenibilidad del ambiente