Fiscales federales dijeron que estaban acusando a la iglesia en Bélgica, a su oficina europea en Bruselas y a 12 de sus miembros, por delitos incluyendo práctica ilegal de la medicina e incumplimientos comerciales.
Los fiscales también están considerando si la iglesia debería ser calificada como una organización criminal, luego de una investigación generada por quejas de hace 10 años.
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Una portavoz de la fiscalía no quiso dar detalles específicos.
Un tribunal examinará inicialmente el caso y determinará si llevarlo a juicio. Debería decidir en octubre o noviembre.
La Iglesia de la Cienciología advirtió que los fiscales belgas están usando los medios para dañar su reputación desde hace 10 años y que aún no habían podido llevar el tema a una corte.
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"Como consecuencia, esto creó un clima de intolerancia y discriminación en la sociedad belga hacia la Iglesia de la Cienciología y los cienciólogos", dijo en un comunicado y agregó que están buscan consejo legal.
En abril, el Tribunal Europeo de Derechos Humanos dictaminó en contra de Rusia por rehusarse repetidamente a reconocer a la Iglesia de la Cienciología de Moscú.
Los fiscales belgas aseguraron que no están buscando prohibir la iglesia en Bélgica, pero que apunta a perseguirla a ella y a sus miembros por ciertas actividades.
Varios países europeos se han rehusado a registrar como iglesia al grupo formado por el escritor de ciencia ficción L. Ron Hubbard.