El ataque a la Gran Colombia, obra máxima de su mente integracionista, decidió en igual forma sobre el entusiasmo del guerrero, que vivió con pena la  invasión del Perú al Distrito del Sur de la Gran Colombia (Ecuador) en 1829 y el asesinato de su fiel amigo el mariscal Antonio José de Sucre el 4 de junio de  1830.