Estaba internado desde agosto por una afección cardiaca que obligó a una operación urgente, pero su salud se complicó los últimos días con una infección pulmonar que le provocó la muerte.
El líder del partido Acción Popular (AP) entregó el mando a Alejandro Toledo cuando contaba con el 80% de respaldo popular, pero en los comicios presidenciales de este año obtuvo menos del 10%.
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Paniagua fue internado en un sanatorio el 21 de agosto pasado por un problema cardiaco y tres días después en el Congreso se anunció, erróneamente, su deceso, mientras se presentaba ante el pleno el presidente del Consejo de Ministros de Perú, Jorge del Castillo.