Por decisión unánime de los dirigentes de los 10 clubes de la Serie A, se jugará un solo sistema de campeonato para la temporada 2006 en el fútbol ecuatoriano.
El torneo comenzará con una primera etapa a partir del 29 de enero y terminará el 14 de mayo, con 16 domingos, dos de los cuales se jugará adelantando fechas. Esta acción permitirá que la selección ecuatoriana de fútbol pueda jugar dos partidos amistosos en Holanda y Japón, el 24 de febrero y el 24 de marzo.
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El torneo tendrá una primera etapa de todos contra todos. El ganador clasificará a la Copa Sudamericana conjuntamente con El Nacional (campeón del torneo Clausura 2005). Luego, los tres mejores con tres, dos y un punto llegarán a la Liguilla Final y el último equipo va al descenso.
Luego, para un segundo torneo similar, las fechas están por confirmar, pero el primero clasifica a la Copa Sudamericana 2007. Así mismo, clasifican nuevamente los tres con mejor puntuación y el último desciende a la Serie B.
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La Liguilla Final se jugará con los seis primeros equipos, en caso que alguno haya repetido la clasificación de la primera y segunda etapa, subirá u ocupará ese puesto el equipo que más puntos obtenga tanto de la serie A como de la B.
La modalidad será todos contra todos en 10 fechas de la cual saldrá el campeón nacional y vicecampeón, que acceden a la Copa Libertadores, mientras el tercer equipo va al repechaje de la misma.