La génesis de este club se produjo en 1996, cuando las escuelas de formación del Green Cross y Liga Cantonal de Manta se fusionaron, por decisión de sus respectivos dirigentes, Jaime Estrada y Emilio Macías, quienes luego asumirían los cargos de presidente y vicepresidente del Manta hasta ahora.
En el 1997 viajaba a Guayaquil para participar en los interbarriales. Quedó campeón en Sub 13 y vicecampeón en Sub 14.
En 1998 ganaron la Copa Cantolao, de Perú, en Sub 13 Cantolao. Hasta el 2000, esas bases que convirtieron en Sub 14 y Sub 15, jugaron otros torneos como Copa Banco Uniones Venezuela (1999), Copa Ecuatoriana de Aviación en Quito, Copa Nike en Quito, Copa Delgado Travel en Machala.
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En el 2000, con divisiones formativas intervino en el torneo de ascenso de segunda categoría, quedaron cuartos. Pero en el siguiente año ascendieron a la Serie B. El año pasado compitieron en la B y quedaron segundos, después de Técnico Universitario, para confirmar su incursión en la Serie A.