La génesis de este club se produjo en 1996, cuando las escuelas de formación del Green Cross y Liga Cantonal de Manta se fusionaron, por decisión de sus respectivos dirigentes, Jaime Estrada y Emilio Macías, quienes luego asumirían los cargos de presidente y vicepresidente del Manta hasta ahora.
En el 1997 viajaba a Guayaquil para participar en los interbarriales. Quedó campeón en Sub 13 y vicecampeón en Sub 14.