La Iglesia católica ecuatoriana y el Ecuador en su conjunto han perdido físicamente a monseñor Antonio Arregui, pero no su legado y su huella como el pastor que no solo tuvo una decisiva participación religiosa, sino social y hasta política en la resolución de los problemas del país.

El 24 de septiembre del 2015, el papa Francisco aceptó su renuncia al gobierno pastoral de la Arquidiócesis de Guayaquil, asumió el título de arzobispo emérito, pero siguió siendo guía espiritual y voz destacada en la superación de crisis sociales que afectaron al Ecuador.