Fue compañero de cátedra de Rafael Correa en la Universidad San Francisco de Quito y hasta la posesión del Mandatario, el 15 de enero del 2007, en los medios aparecían sus comentarios políticos sobre su triunfo electoral. Fue al día siguiente que se conoció que Fernando Bustamante sería asesor con rango de ministro.

En el círculo siempre se lo ha visto como un académico brillante (tiene una maestría en Administración Pública en  Harvard y estudios en Chile), pero con poco manejo de bases.

Se integró al buró nacional una vez en el Gobierno y ha sido uno de los funcionarios más cercanos a Correa, pues, como su  asesor, era quien siempre estaba en Carondelet hablándole de escenarios políticos y estrategias.

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Luego se le encomendó la coordinación de las áreas Política y de Seguridad Interna y Externa en las nuevas carteras. Asumió el Ministerio de Gobierno y Policía en noviembre del 2007 y fue quien dijo que la inseguridad es solo “una percepción”. Ahora forma parte de la nueva Asamblea Nacional.

Bustamante –vinculado al movimiento Alternativa Democrática, parte de PAIS– fue cuestionado cuando, el 30 de mayo del 2008, un piquete policial ayudó a ingresar a su oficina  al entonces superintendente de Compañías, Francisco Arellano, dejando funcionarios heridos, asfixiados y detenidos. También en el manejo de la fuerza pública en los incidentes en la Universidad Católica, hace un año. 

Aunque también ha participado en la coordinación Ejecutivo-Legislativo, más se le han delegado acciones vinculadas a la seguridad o el sistema de rehabilitación social. En el área política, fue parte del equipo de campaña por el Sí en el referéndum (se le encargó  el trabajo con gobernadores). Antes de vincularse al Gobierno había sido un acérrimo defensor de las libertades individuales. Había iniciado cerca de tres procesos legales en defensa del derecho a la privacidad. Criticaba, por ejemplo, el uso de cámaras de seguridad en edificios o que se exija la cédula al ingreso de una dependencia; pero en el Gobierno propuso el espionaje telefónico.