Dos momentos de tensión política han obligado a Gustavo Larrea a alejarse del régimen: el primero duró casi cinco semanas y el último acaba de cumplir seis meses, sin mostrar indicios de terminar.  

Larrea, quien milita en PAIS  desde la campaña presidencial,  fue el primer ministro de Gobierno de Rafael Correa, cargo al que renunció el 29 de noviembre del 2007, por una “mala administración de la información” en el conflicto en Dayuma, según dijo entonces el propio Mandatario, quien no tardó en regresarlo a la función pública.

El 3 de enero del 2008 lo posesionó como Ministro Coordinador de Seguridad Interna y Externa, pero renunció el 27 de enero del 2009, para ubicarse en el tercer puesto de la lista de candidatos a la Asamblea que se instaló la semana pasada. 

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Sin embargo, el escándalo en el que se vio involucrado junto a su amigo y ex subsecretario de Gobierno, José Ignacio Chauvin, al ser vinculados con las FARC, le costó esa candidatura. Desde entonces, Larrea no ha podido regresar al Gobierno y hoy es indagado por la Fiscalía porque el ministro de Gobierno, Gustavo Jalkh, entregó un supuesto diario de Raúl Reyes que lo relaciona con las FARC.
 
La prueba de su habilidad política en el manejo legislativo quedó demostrada para Correa cuando, desde la cartera de Gobierno, logró desarmar a la oposición con la destitución de 57 diputados en marzo del 2007.

Él y su equipo de colaboradores (entre ellos Andrés Valdivieso) lograron un bloque afín denominado “de los manteles”, más los grupos de minoría.
Pese al revés, Larrea aún tiene influencia. Uno de los más cercanos en la actual Asamblea es César Rodríguez. En el 2006 se presentó en PAIS liderando el Movimiento Iniciativa Ciudadana, con Rodríguez y Eduardo Paredes. La confianza de Correa ha sido tal que incluso le ha delegado la definición de candidaturas, labor que también cumple Patiño, aunque Larrea ha logrado ubicar a un número significativo de aliados.