El sucesivo deterioro de su salud hizo que LFC dejara sus habituales apariciones públicas ante la prensa los días lunes en su casa (tras dejar la Alcaldía) desde octubre del 2006 y se retirara de la política a partir de enero del 2007.

El pasado 15 de septiembre, él mismo decidió internarse en la clínica Guayaquil por dificultades para respirar a causa del enfisema pulmonar que padecía. Esta fue una de sus peores crisis de salud.

Previamente, el ex mandatario había sido sometido a operaciones del corazón y de la pierna y ojo derechos, y a tratamientos de quimioterapia para el cáncer de la vejiga y la próstata.

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En el 2001 comenzó lo que se convertiría en su rutina hasta los últimos momentos de su vida: constantes entradas y salidas de hospitales en EE.UU.

El 15 de agosto de ese año fue intervenido quirúrgicamente en su ojo derecho en el hospital Bascom Palmer de Miami. Tres meses después y al año siguiente se sometió a exámenes médicos de rutina.

El 30 de marzo del 2005 se le extirpó el globo ocular derecho y el 1 de diciembre pasado fue su última salida a Tampa (Florida), donde por una semana estuvo internado en el Moffitt Cancer Center, especializado en enfermedades pulmonares.