En Guayaquil funciona la sede central del INH y en el resto del país la red de laboratorios, integrado por 33 unidades. Además, desde 1971 cuentan con  laboratorios veterinarios anexados.

La Fundación Rockefeller fue la primera organización que ayudó desde la creación del Instituto. En el 77 y 97 el gobierno japonés participó en un programa a través del cual donó vehículos y equipos. Cuentan con el intercambio científico de profesionales ecuatorianos especializados en Japón y japoneses que trabajan un año en Ecuador.