La Contraloría General del Estado emitió un documento el 25 de julio del 2003 (DA1-028-01) sobre la situación financiera y ejecución presupuestaria del Ministerio Público, y que corresponde a los años 1999, 2000 y 2001.

Parte de estos gastos corresponden a la gestión del anterior fiscal encargado, Guillermo Mosquera. Otros en cambio sí corresponden a la administración de Mariana Yépez.

Por ejemplo, Contraloría determinó que se cancelaron 164 millones de sucres y 15.524 dólares por sueldos a policías asignados a la Fiscalía, cuando también percibían remuneración de la Policía Nacional, en septiembre del 2000. La recomendación del informe fue hacer cumplir la prohibición de que funcionarios públicos cobren dos remuneraciones.

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Tampoco se cumplió con los exámenes especiales y auditorías contempladas por la Contraloría. En el 2000 se planificaron catorce exámenes, pero solo se realizaron tres, que no fueron programados.

En este informe no consta el monto total de las responsabilidades civiles e irregularidades detectadas. Por ser civiles, corresponde entonces la devolución de este dinero.

No obstante, la misma Contraloría, en un informe de labores del año 2003, sí lo cuantifica: 1.489’210.980 sucres (59.568 dólares tomando en cuenta la cotización de 25.000 sucres por $ 1) y 391.563,35 dólares.