El gobierno del Perú no quería entregar el puerto de Guayaquil en vista de creerse ofendido Lamar por el Decreto de honores y premios a los vencedores del Portete de Tarqui, puesto que Sucre ascendió a Flores al grado de General de Brigada. Por lo cual Bolívar organizó y abrió una nueva campaña militar, la de Buijo, que duró cinco meses con el objetivo de desalojar a los peruanos de Babahoyo, Daule, Baba, Samborondón y Yaguachi y en cuyos sitios se libraron algunos combates.

Bolívar llegó a Samborondón el 16 de junio de 1829, en donde permaneció diez días, pues el 26 de este mes y año llegó a Buijo, jurisdicción de la actual parroquia Tarifa, para dirigir las operaciones castrenses en defensa de la ciudad de Guayaquil, que desde el 11 de enero de 1829 cayó en manos peruanas, que la ocuparon durante seis meses. Con la victoria del Portete de Tarqui, 27 de febrero de dicho año, cuando cuatro mil bravos soldados colombianos (de las hoy repúblicas de Ecuador, Colombia y Venezuela) pusieron en fuga a ocho mil peruanos, comenzó la liberación de Guayaquil.

Lamentablemente una tuberculosis había empezado a minar el cuerpo del imbatible caraqueño. Buijo para Bolívar era un sitio donde recibía afectuosas atenciones y adonde le llegaban bocados nutritivos, que eran enviados por nobles matronas guayaquileñas que lo amaban, descollando doña Eufemia de Llaguno y Lavayen, madre del primer obispo de Guayaquil, Francisco Xavier de Garaycoa.

Gabriel Cevallos relata cómo concluyó esta campaña militar: “Cuando Flores se aprestaba a acometerlos definitivamente en la misma ciudad donde se hicieron fuertes, todavía era cifra de dos mil hombres, estalló una revuelta en Perú a consecuencia de lo cual fue depuesto el mariscal Lamar”. Los peruanos hicieron responsable directo de la derrota de Tarqui al mariscal José Domingo Lamar y Cortázar, nacido en Cuenca de Ecuador, por  cuyo motivo el general Agustín Gamarra lo apresó el 9 de junio de 1829 y luego de que el general Antonio Gutiérrez La Fuente, vicepresidente de Perú, se declaró jefe supremo. Lamar fue desterrado a Costa Rica en donde murió el 11 de octubre de 1830.

Este acontecimiento hizo que Bolívar propusiera suspender las hostilidades en Guayaquil, por lo que se dirigió al coronel Miguel Benavides, comandante peruano de la plaza de este puerto, para proponerle la citada suspensión. La proposición fue aceptada, y acordaron firmarla en Buijo, el 27 de junio: “Reunidos en el cuartel general de Buijo a 27 de junio de 1829, los señores: general de brigada León de Febres Cordero por parte del ejército colombiano, y el teniente coronel don Francisco Valle Riestra, jefe de E.M. de la División peruana que está en Guayaquil, por ella, con el objeto de celebrar una suspensión de hostilidades mientras dura la misión que ha llevado de S.E. El Libertador, el coronel Antonio De la Guerra...”.

La histórica mesa sobre la cual se firmó el Tratado de Buijo se halla en una de las salas del Museo Municipal de Guayaquil, sobre ella hay una escultura que representa el rostro del eximio Libertador.