Enero 14-2003
Comenzaron las discrepancias entre el partido de gobierno,  Sociedad Patriótica y su aliado Pachakutik, por la designación del Gabinete. Pachakutik reclamaba más participación.
Enero 22-2003

Lucio Gutiérrez posesionó a su cuñado, Napoleón Villa, como presidente del Fondo de Solidaridad relegando de la función al vicepresidente Alfredo Palacio.

Ese mismo día el diputado Guillermo Haro (ID) presentó un informe al pleno del Congreso sobre las causas de la explosión en la Brigada Galápagos, de Riobamba, y se ratificó de que fue un acto deliberado para ocultar un supuesto tráfico de armas con fuerzas irregulares de Colombia.

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Marzo 14-2003
Napoleón Villa renunció a su cargo. El Mandatario reconoció que fue un error darle otras responsabilidades que no le correspondían por ley.

Abril 14-2003
Pachakutik pidió al Presidente que permita al movimiento indígena participar en las decisiones políticas y económicas que adopte hasta el final de su mandato.

Mayo 24-2003
Antonio Tramontana, secretario de Comunicación, renunció a su cargo  por estar  relacionado con una supuesta propuesta de inversión de la empresa coreana LG  que nunca se concretó. 

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Junio 7-2003
El diputado  Renán Borbúa admitió que Gutiérrez aprobó el nombramiento de nueve familiares suyos en puestos de libre remoción en entidades estatales y diplomáticas.

Junio 12-2003
Virgilio Hernández, subsecretario de Gobierno, renunció a su cargo y denunció que había un círculo oscuro alrededor del Mandatario.

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Junio 23-2003
Lucio Gutiérrez culpó al ex presidente Rodrigo Borja de ser el director de “una campaña para desestabilizar el gobierno”.

Julio 7-2003
El Movimiento Popular Democrático (MPD) retiró a su ministro de la coalición gobernante.

Julio 21-2003
Lucio Gutiérrez le pidió la renuncia a la ministra de Educación Rosa María Torres, “por hablar mal del régimen”.

Agosto 1-2003
El diputado Guillermo Haro (ID), quien acusó al Presidente de recibir regalos de la empresa LG, pidió a la fiscal Mariana Yépez que incluya al Mandatario en la investigación sobre el caso. El Presidente retó a Haro a probar su denuncia y lo enjuició por injurias.

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Agosto 2-2003
Renunció Mario Canessa al Ministerio de Gobierno, alegando motivos personales, aunque colaboradores suyos dijeron que fue por injerencias de Napoleón Villa a su gestión.

Agosto 6-2003
Pachakutik y Sociedad Patriótica rompieron la alianza de gobierno y renunciaron los ministros de Pachakutik.

Septiembre 2-2003
Ximena Bohórquez, diputada y esposa del Presidente,  reclamó su espacio de primera dama ante el Congreso Nacional y se sumó a las críticas que realizaron varios legisladores sobre el viaje del Mandatario a China,  en agosto.

Septiembre 5-2003
El Primer Mandatario anunció la elaboración de un proyecto  para la prensa, al que se le denominó “ley mordaza”. Luego se negó a ratificar el Acta de Chapultepec, que avala el trabajo de la prensa. El 2 de octubre firmó el acta.

Octubre  15-2003
El presidente de Colombia,  Álvaro Uribe,  denunció que el cohete utilizado en un atentado contra el ganadero colombiano Jorge Visbal era ecuatoriano y que elementos de las FF.AA. ecuatorianas venden armas a la guerrilla de su país.
Octubre  23-2003

César Fernández, ex gobernador de Manabí en el gobierno de Sixto Durán-Ballén, detenido y acusado de narcotráfico, afirmó ser amigo del vicepresidente Alfredo Palacio. La Comisión de Fiscalización del Congreso inició una investigación para determinar si Fernández aportó dinero a la campaña del binomio Gutiérrez-Palacio.

Noviembre 25-2003
Alfredo Palacio acudió al Congreso Nacional para aclarar las supuestas vinculaciones con Fernández. En su discurso conminó al mandatario a trabajar en una agenda social.

Enero 14-2004
En la Cumbre de las Américas,  en Monterrey (México), Gutiérrez afirmó que su homólogo de EE.UU., George W. Bush, le pidió la lista de banqueros y políticos prófugos para extraditarlos. La Cancillería emitió una lista con diez personas, pero el Presidente, cinco días después, desautorizó al canciller Patricio Zuquilanda por emitirla.

Febrero 3-2004
El embajador de Ecuador en Argentina, Germánico Molina, fue retirado del cargo acusado por el gobierno argentino de ayudar a violar el arresto domiciliario del ex represor Guillermo Suárez Mason.

Febrero 4-2004
El legislador Carlos González (ID) acusó a Lucio Gutiérrez de recibir afiches impresos desde México para su campaña electoral y que no fueron reportados.

Febrero 17-2004
León Febres-Cordero dijo que la presencia de Napoleón Villa y de Renán Borbúa, en el régimen, “le hacen mucho daño y hay que separarlos de él”.

Abril 12-2004
Renunció Carlos Arboleda al Ministerio de Energía y Minas.

Abril 13-2004
El ex presidente Rodrigo Borja afirmó que el presidente tiene suficientes causas para “irse a su casa”. Mientras, el ofrecimiento del Mandatario de aumentar los sueldos a los miembros de la fuerza pública causó malestar en el resto de funcionarios y empleados del sector público.