La Universidad Luis Vargas Torres de Esmeraldas fue intervenida por una serie de irregularidades. Esta institución fue categorizada en el grupo D por el CEAACES.

Después de una investigación, el Consejo de Educación Superior (CES) identificó cobros irregulares en las extensiones, emisión de títulos fraudulentos, irregularidades en la elección de representantes estudiantiles, así como actos de violencia registrados en esta institución educativa.

Por unanimidad, el Consejo designó a Uriel Castillo como presidente de la comisión de intervención quien deberá en 45 días entregar un plan de intervención. A él lo acompañarán Carlos Jácome, Jack Chávez, René Proaño y Edwin Olalla.

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En la investigación que realizó la Comisión especial del CES aparece que las extensiones no recibían recursos desde la matriz desde el 2008, por lo que, cada una, funcionaba en base al autofinanciamiento, eso incluía el pago de valores a los alumnos para solventar remuneraciones de personal docente y administrativo y en general, gastos operativos.

En cuanto al cogobierno hubo irregularidades en la conformación la representación estudiantil. El 29 de enero de 2010 se realizaron  las elecciones por dos años y en febrero de 2010 se posesionaron, el periodo terminó en febrero de 2012. Sin embargo, el Consejo Académico resolvió, por unanimidad, adoptar una medida transitoria por la cual debía integrarse a dicho consejo un representante de cada facultad, que debía ser estudiante con mayor promedio en sus calificaciones.

Este tipo de designación de los representantes estudiantiles al Consejo Superior Universitario no constituye elección universal, directa y secreta, según explicó Marcelo Cevallos, presidente subrogante del CES. El estudiante de mayor promedio de cada facultad era una única persona determinada y específica, afirmó.

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Otras de las irregularidades detectadas es que en Quinindé se pretendió incorporar como abogados y doctores en Derecho a más de cincuenta estudiantes provenientes de  universidades distintas, a los que se estaba homologando sus estudios en la Facultad de Ciencias Sociales y Estudios de Desarrollo de la Universidad. Este procedimiento, según el propio rector Luis Felipe Pacheco, evidenció graves anomalías tales como la inexistencia de matrículas, calificaciones, tesis de grado y actas de sustentación de estas tesis.