La investigación en caña está en manos del sector privado y con el apoyo de los ingenios mas grandes del país –Ecudos, San Carlos y Valdez– se creó el Centro de Investigación de la Caña de Azúcar del Ecuador (Cincae), que trabaja en nuevos materiales para dar alternativas productivas a los agricultores.

La Unión Nacional de Cañicultores también ha creado su propio centro de investigación que trabaja en la búsqueda de un banco de germoplasma.