El Instituto de Investigaciones Agropecuarias (Iniap) a través del Programa Nacional de Cacao y Café desarrolla materiales mejorados en ambos cultivos.

En el caso del cacao, según un boletín informativo, los trabajos recientes de mejoramiento genético permiten la obtención de cuatro nuevos clones, de los cuales dos han demostrado tener atributos para ser explotados comercialmente en la zona central de la provincia de Manabí (clones EET-575 y EET-576) y los otros dos (EET-544 y EET-558) para su producción bajo riego en las condiciones ambientales de la península de Santa Elena y zonas aledañas de la provincia del Guayas.

En café se desarrollan variedades productivas de la especie coffea arábiga adaptadas a diferentes zonas agroecológicas del Litoral ecuatoriano. En los últimos años, indica el informe, se ha experimentado una creciente demanda por cafés de la especie coffea robusta, lo que motivó el interés por sembrar esta variedad. Esto incentivó al Instituto a diseñar estrategias de trabajo para obtener clones altamente productivos en esta especie y se espera para el 2015 haber identificado y lanzado la primera siembra comercial en el país.

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En el 2007, el Consejo Cafetalero Nacional (Cofenac) y la empresa Dublinsa firmaron un convenio de cooperación interinstitucional para implementar un centro experimental de café robusta en Isidro Ayora.

Se inició el ensayo con 33 clones, de los cuales se han identificado 14 promisorios con rendimientos que van de 4.957 a 9.880 gramos de café cereza por planta, con buena adaptación para la Costa. Según directivos del centro experimental, en dos años se tendrán los resultados para ser entregados a los productores, dando de esta manera una nueva oportunidad a los agricultores de la Costa y a los industriales nacionales.