Después de la Fuerza Aérea, la Marina es la segunda institución de las Fuerzas Armadas que ha recibido importantes recursos del Gobierno para su modernización y que también ha sido cuestionada.

En abril pasado el presidente Rafael Correa, ante la acumulación de retrasos para la entrega de seis aviones no tripulados UAV, por parte de la empresa IAI de Israel, advirtió la posibilidad de rescindir el contrato que costó $ 23 millones.

Un año después de la firma del contrato, en septiembre pasado, los aviones llegaron a la base de Manta: dos estratégicos de modelo Heron y cuatro tácticos de modelo Searcher.

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Esta compra se realizó dentro del Plan de Soberanía Energética que implementó el Gobierno para contrarrestar el tráfico de combustible en alta mar.

Para la modernización de la Marina el Gobierno comprometió  a invertir $ 400 millones.

En enero del 2008 firmó un contrato con Astilleros y Maestranzas de la Armada de Chile para la modernización de los submarinos Shyris y Huancavilca por $ 150 millones, según el comandante de la Armada, Aland Molestina. El primer submarino llegará  en el 2010.

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A eso se suma la adquisición de dos fragatas a la misma Armada chilena por $ 24 millones. Según información publicada por el diario El Mercurio de Santiago, estas fueron desactivadas en el 2006 y el 2007, tras 34 años de servicio. Estas naves reemplazaron a las dos ecuatorianas, Morán Valverde y la Eloy Alfaro, 10 años más antiguas.

El Ejército también recibió recursos para recuperar su capacidad operativa. Más de $ 50 millones fueron destinados para comprar equipos de inteligencia electrónica, visores nocturnos, entre otros requerimientos para el patrullaje y control de la frontera con Colombia.