Al igual que en el resto del mundo, la Conferencia Episcopal Ecuatoriana (CEE) es una institución de carácter permanente que reúne a todos los obispos del país. Su presencia representa la máxima autoridad de la Iglesia católica en una nación.

En Ecuador, esta institución se compone de 32 miembros con derecho a voto: un obispo titular por cada una de las 23 jurisdicciones eclesiásticas del país; ocho auxiliares de las arquidiócesis: de Guayaquil (3), Quito (2), Portoviejo (1), Machala (1) y Riobamba (1); y uno castrense (de los militares).

También integran la CEE once obispos eméritos (quienes debieron renunciar a su trabajo pastoral por su avanzada edad), pero participan solo con derecho a voz y  no con sus votos.

De entre sus miembros se designan al presidente, vicepresidente y a los dos secretarios.

Desde el Vaticano, el Sumo Pontífice apuntala su misión apostólica en el trabajo de los obispos, que en el mundo tienen a su cargo más de 500 arquidiócesis y 1.800 diócesis.

Cada sacerdote gobierna su parroquia espiritual y administrativamente, aunque algunas actividades le competen al obispo (organiza su diócesis o arquidiócesis, ordena y distribuye a los curas en las parroquias y cuida que la predicación y culto se lleven adecuadamente).

La CEE funciona como un consejo asesor que busca líneas pastorales compartidas y acuerdos para enfrentar problemas comunes de determinada manera, pero respetando la autoridad y competencia que cada obispo tiene en su iglesia (artículo 1 de su estatuto).

De ahí que algunos obispos ponen más énfasis en la defensa de la doctrina y otros, en la obra social. Se evidencia, así, una diversidad de tendencias: desde el Opus Deis, la línea más conservadora de la Iglesia, hasta la Teología de la Liberación, la llamada “Opción por los pobres”.