La designación de los magistrados de las cortes de justicia del país ha estado sujeta, desde la Constitución de 1830, a una fórmula de ping pong entre los poderes Ejecutivo y Legislativo. En al menos cinco cartas magnas ha sido el Congreso el que ha nombrado a los jueces y en otras cinco este codiciado rol ha sido del Primer Mandatario.

Lo que dispone el  Régimen de Transición, incluido en el proyecto de Constitución, no hace diferencia. De ganar el Sí en la consulta popular, diez días después automáticamente quedan destituidos de sus cargos los actuales 31 magistrados de la Corte Suprema de Justicia.
Después de cesar de sus funciones, actualmente sin periodo fijo, la Asamblea reinstalada,  cuyo 80% de miembros es afín al movimiento oficial Alianza PAIS, del presidente Rafael Correa, conformará el Consejo Nacional Electoral, que será el que por sorteo escoja a 21 de los 31 jueces que se quedarán hasta seleccionar a los definitivos.

La magistrada Ana Abril considera que se le da un trato discriminatorio a la Corte Suprema de Justicia, porque es la única entidad que entra inmediatamente a un nuevo régimen, a diferencia del Consejo de la Judicatura, el Tribunal Constitucional y el Tribunal Supremo Electoral, que terminarán sus periodos cuando se posesionen  los titulares de los nuevos organismos que los reemplazarán

Pero  Gustavo Darquea, ex asambleísta de PAIS, asegura que este proceso es necesario para acatar lo que dispone el proyecto de Constitución, en el caso de que triunfe el Sí, esto es que la Corte Suprema de Justicia tenga solamente 21  magistrados y no los 31 actuales.

En un plazo de 180 días se conformará mediante concurso de méritos y oposición –con veeduría ciudadana– el Consejo de la Judicatura, que a su vez conformará la Corte Nacional de Justicia, que organizará las cortes provinciales de Justicia y los tribunales distritales y penales y el sistema notarial.