La supremacía por sobre todos los órganos de control convertirá a la Corte Constitucional en la entidad más poderosa del país si gana el Sí. Tan poderosa que si el Presidente de la República objeta una ley por considerarla inconstitucional sería esta Corte la que entraría a dirimir y su decisión no sería objetable. Tan poderosa que solo con su  aceptación se podría iniciar un juicio al Primer Mandatario o disolver el Congreso.

Sus miembros no se someterán a juicio político ni serán removidos de sus cargos por quienes los designen, durarán nueve años y se renovarán por tercios cada tres años.

¿Esta Corte tan poderosa quedaría organizada en el Régimen de Transición de ganar el Sí? El ex asambleísta Marcos Martínez, de PAIS, opina que sí, pero otros constituyentes como Virgilio Hernández o Gustavo Darquea interpretan que no.
 
En realidad, no está muy claro en el artículo 25 de este régimen, que señala que la Corte Constitucional se organizará una vez constituidas las nuevas funciones (Legislativa, Ejecutiva y de Transparencia), pero no especifica si esas nuevas funciones serán las elegidas en la próxima contienda electoral o las provisionales de la transición, esto es el Congresillo, el Ejecutivo y la Función de Transparencia y Control Social –que la conformará el Congresillo–. Si es lo segundo, la nueva Corte quedaría conformada en la transición, pero si no se lo haría en el próximo Gobierno.

En cualquiera de los dos casos, las funciones Ejecutiva, Legislativa y de Transparencia propondrían 27 candidatos al concurso  para designar a los miembros de la Corte, pero sería el Consejo de Participación Ciudadana, elegido por el Congresillo, el que fije las normas.  “No es conveniente que el más alto órgano de la función jurídica tenga inclinación de PAIS; imagínese jugar un partido con un árbitro parcializado”, dice Ernesto López, ex titular del Tribunal Constitucional.