Aunque el avistamiento de los cocodrilos en las aguas del Guayas ha quedado solo como un recuerdo de los abuelos,  una vida de flora y fauna se desarrolla en el río y sus alrededores.

El biólogo Fernando Celi, investigador de  la Comisión Permanente del Pacífico Sur, dice que el área del Guayas es de muy alta biodiversidad a pesar de los problemas puntuales de contaminación que enfrenta, generados por la ciudad y la corriente de descargas que viene de la zona agrícola.

"Lo bueno es que hay una renovación de las aguas del estuario interior del golfo de Guayaquil,  que permite esa alta biodiversidad y  también  la crianza de camarones en esa zona", dice él.

La bióloga Genoveva Torres, del Instituto de Investigaciones de Recursos Naturales de la Universidad de Guayaquil, indica que hay una especie de camarón  que se ha adaptado a las aguas del Guayas, al igual que peces como el bagre.

Ella asegura que la población de peces se ha ido reduciendo por el  sedimento y las descargas de las industrias, pero que otra parte de ellas se acostumbró al tipo de agua. También existen especies de reptiles, como las iguanas y culebras.

Pero a más de la vida marina, el ecosistema alrededor de las aguas del río hace que coexistan aves de los manglares. Hay unas 10 o 12 especies de garzas y aves playeras (aves pequeñas que andan por el lodo consumiendo animales); gaviotas, gaviotines  y fragatas. En la zona cercana a la isla Santay se ubican unas 128 especies de  aves. Según el biólogo Celi, la zona es subutilizada en términos  turísticos, por lo que es necesario crear planes de manejo para el uso sustentable del río. "También es importante que estemos monitoreando la zona para conocer los niveles de contaminación y evitar su deterioro", señala.

Las visitas a la isla Santay intentan potenciar la zona y concienciar a los turistas sobre la importancia de conservar las especies en riesgo. Ya ocurrió con los cocodrilos, que hoy vuelven a las cercanías del Guayas con un criadero que fue construido en la Santay.

En el ecosistema del Guayas hay áreas protegidas vinculadas con el río, como Manglares Churute, la reserva de producción de fauna Manglares del Salado y el hábitat de vida silvestre de Puerto El Morro, donde existen delfines.