El norteamericano George Capwell (c) fundó en 1929 el club eléctrico.

El 28 de abril de 1929, George Capwell, inmigrante estadounidense fundador de la Empresa Eléctrica del Ecuador, junto con otros deportistas, amigos y empleados de la empresa, fundan un club deportivo al que se le puso el nombre de la Empresa Eléctrica del Ecuador (EMELEC). Desde sus inicios el club solo contaba con equipos de: natación, béisbol, boxeo, básquetbol y atletismo, dado a que su fundador, George Capwell, tenía la idea de formar un club deportivo que no se centre en dicho deporte, basado en su cultura y tradición norteamericana. A pesar de esto posteriormente se incorporó este último deporte a las disciplinas del Club Sport Emelec.

En 1948, con ocasión del “Torneo del Pacífico” se enfrentan por primera vez en un partido oficial Emelec[sin referencias], asociado con la opulencia de Capwell (de ahí el sobrenombre de equipo millonario) y Barcelona, equipo en ese entonces identificado con los sectores más pobres de Guayaquil, dando lugar al nacimiento del tradicional Clásico del Astillero: enfrenamiento entre Emelec y Barcelona.

Balseca, Bolaños, Raffo, Raymondi y Ortega; más conocidos como "Los cinco Reyes Magos", le daban alegría a su hinchada.

Emelec ascendió a primera categoría en 1946, aunque el fútbol profesional ecuatoriano arrancó en 1951. En 1957 el equipo logra su primer campeonato nacional de fútbol, alcanzando el subcampeonato dos años después.

Época dorada
Durante esa época, Emelec quedó campeón en 1961, 1965 y 1972, y subcampeón en 1962, 1966, 1967 y 1970. En el ámbito internacional, 1965 y 1966 fueron años destacados para el conjunto azul cuando obtuvo triunfos sobre: Universidad Católica de Chile (7:2),Chacarita Juniors de Argentina (3:0), Peñarol de Uruguay (1:0) en ese entonces ganador de varias Copas Libertadores, Vélez Sársfield de Argentina (4:2).

El último equipo bicampeón del Club Sport Emelec entre 2001 y 2002.

Dos bicampeonatos en menos de 10 años
La década del 90, con a Nasib Nehme y Fernando Aspiazu como sus principales dirigentes, Emelec logró su primer Bicampeonato en 1993 y 1994. El cuerpo técnico lo comandaban el argentino Salvador Capitano y el ecuatoriano Carlos Torres Garcés.

El nuevo siglo trajo a Emelec nuevos títulos. Bajo el mando de los directivos Enrique Ponce y Omar Quintana se logra el segundo bicampeonato, gestado entre 2001 y 2002, el primero de la mano del técnico nacional Carlos Sevilla y el Segundo del argentino Rodolfo Motta.