En El Cajas existen características hidrológicas del suelo y geomorfología glaciar, de lo cual resulta la retención de humedad y agua en el parque de aproximadamente 52 millones de metros cúbicos, que generan una corriente anual de 6 millones 600 mil metros cúbicos del líquido que llegan a los océanos Pacífico y Atlántico.

Cuenta también con una biodiversidad de 500 especies de plantas, 153 de aves, 18 de mamíferos y 14 de anfibios lo que le da una característica especial del páramo alto andino, que representan el 27% de la biodiversidad de la Cordillera de los Andes.

De las investigaciones realizadas con antropólogos y arqueólogos, en 33 sitios identificados se desprende una relación comercial y cultural en el Camino del Inca, con culturas de hace tres mil años.

La existencia de wakas o adoratorios localizados en las cimas de las montañas y desfogues de las lagunas son manifestaciones culturales que indican que el PNC fue ocupado por sociedades aborígenes desde el periodo Formativo Medio hasta el periodo Inca.