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| Tabla de posiciones |
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Así quedó finalmente la tabla de posiciones al completar los 10 partidos de la liguilla final con lo que el equipo de El Nacional se coronó Campeón del Torneo ecuatoriano 2006.
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EQUIPO |
PJ |
PG |
PE |
PP |
GF |
GC |
Ptos |
GD |
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| 1. |
El Nacional |
10 |
3 |
5 |
2 |
16 |
11 |
19 |
5 |
| 2. |
Emelec |
10 |
4 |
3 |
3 |
20 |
17 |
17 |
3 |
| 3. |
LDU (Q) |
10 |
3 |
4 |
2 |
17 |
13 |
16 |
4 |
| 4. |
Olmedo |
10 |
3 |
5 |
2 |
14 |
12 |
15 |
2 |
| 5. |
Barcelona |
10 |
3 |
4 |
3 |
10 |
15 |
14 |
-5 |
| 6. |
Dep. Quito |
10 |
3 |
1 |
6 |
14 |
23 |
10 |
-9 |
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| Bonificación a la liguilla |
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Al entrar a la liguilla varios equipos jugaron con puntos de bonificación a su favor logrados en las etapas previas del campeonato.
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EQUIPO |
Bonificación |
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| 1. |
El Nacional |
5 (2 en la primera etapa y 3 en la segunda) |
| 2. |
Liga de Quito |
3 (3 en la primera etapa) |
| 3. |
Emelec |
2 (2 en la segunda etapa) |
| 4. |
Barcelona |
1 (1 en la segunda etapa) |
| 5. |
Olmedo |
1 (1 en la primera etapa) |
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