Los criterios del Procurador tienen carácter vinculante, por lo que deben ser acatados por los organismos del Estado, aunque algunas veces muestren contradicciones. Un ejemplo fue el caso de la aplicación de la Ley  Orgánica de Servicio Civil y Carrera Administrativa (Loscca) para los empleados estatales.

La Loscca incluye regulaciones, como  que ningún servidor público puede ganar más que el Presidente de la República. El 17 de marzo del 2005, ante una consulta del Congreso, que fue quien lo designó, el procurador José María Borja explicó que la Loscca no debe aplicarse a los trabajadores legislativos. Sin embargo, el 22 de diciembre del mismo año, en un pedido de Petroindustrial sobre la indemnización a un trabajador, Borja declaró que la liquidación no podía sobrepasar “los límites establecidos por la Loscca”.

En enero del 2005, Borja cambió de parecer sobre el tiempo que serviría de base para el cálculo de las indemnizaciones de empleados públicos que el régimen de Lucio Gutiérrez pretendía despedir.
En dos ocasiones, en mayo del 2004, dijo que la indemnización de mil dólares por año de servicio se tomaría en cuenta solo sobre los años laborados en la última institución. Ocho meses después, revisó esa decisión, cuando ya había amenazas de juicios.

De la misma forma, a inicios del Gobierno de Alfredo Palacio, indicaba que el régimen solo podía nombrar a 56 funcionarios como cuota política del servicio exterior. Pero ante una insistencia del entonces canciller Antonio Parra, el Procurador rectificó y en menos de un mes hizo un nuevo cálculo, y la cifra aumentó a 83. Fernando Borja Gallegos, hermano del Procurador, se mantuvo como embajador en República Dominicana.

El 28 de noviembre pasado, el Procurador emitió un criterio sobre otorgar frecuencias para la telefonía celular, pese a que el Consejo Nacional de Telecomunicaciones (Conatel) no había avaluado el costo de esa frecuencia. Borja manifestó que se podía “otorgar la concesión para el uso de las frecuencias del espectro radioeléctrico, sin que en forma previa el operador solicitante pague los valores correspondientes a la concesión”. Así, según la Procuraduría, que resolvió esta consulta en dos días laborables, las frecuencias pueden ser utilizadas previo al pago de una garantía.