Las empresas privadas que prestan servicio de manejo de contenedores, banano y carga en general son las siguientes:

- Ecuaestibas: Compañía ecuatoriano-chilena que opera también en Esmeraldas, Manta y Puerto Bolívar.

- Transagent: Compañía formada por Transoceánica, Transec y Remar.

- Aretina: Opera también en Esmeraldas y Manta.

- Transmabo/Operador Portuario del Pacífico: forman parte del grupo Noboa.

- Tabule S.A.: Operador portuario del grupo Wong.

- Ubesa S.A.: Opera también en Puerto Bolívar.

- Termiport: También presta servicios en Esmeraldas, Manta y puerto Bolívar.

- Agmaresa: En 1985 se convirtió en operador portuario.

- Andigrain: Se especializa en manejo de productos siderúrgicos.

- Miltrade: Manejo de cargas homogéneas.

- L.G. Ecuatoriana: Presta servicios de almacenamiento de cargas peligrosas. Es un permisionario menor.